被称为“红色彗星”基恩公国军的王牌飞行员,‘势’和他的妹妹敲定了《塞拉·玛斯’的命运悲剧的开始和过去~两兄妹的流转的故事背景,边路~3掌握实权,基恩公国,统帅ザビ家,ランバ・ラル和黑色三连星等“一年战争”中活跃了无数的基恩军队著名的跳蛙王牌飞行员们年轻的日的英勇,战况戏剧性地改变了人型机动武器开发“出”的轶事,与地球联邦军的分歧和对开战的路线等，作为映像第一次被描写“一年战争”以前的过去的故事。
时为2138年。曾卷起一大风潮的虚拟现实体感型网络游戏《YGGDRASIL》即将迎来停服。 玩家飞鼠在曾经以同伴和荣华自傲的根据地纳萨力克地下大坟墓，独自一人安静等待着那一刻。 但，发生了结束时间已过却没有登出的异常事态。 NPC们以自己的意志行动，不止如此，纳萨力克之外展开了从未见过的异世界。 飞鼠为了寻找过去的同伴， 以公会名安兹·乌尔·恭自称，决定在异世界扬名立万。 他与宣誓绝对忠诚的部下一同，向新的地域进军。 将世界收于掌中的死之支配者，于此再临！！
在艾倫他們居住的帕拉迪島之外，還存在一個其他人類居住的世界。當中一個國家「瑪雷」與其他各國爆發戰爭。陷入苦戰之際，他們決定要攻進帕拉迪島，把「始祖的巨人」搶過來。在這裏又看到另一羣孩子們拼命求生存的身影……。
在死神界有留克的死神追加了讲述月亮的场面。
伊出不登场。
随着夜神总一郎心脏病发作的场面被删除，他在第二次基拉事件时看电视的地方也从医院的病房变成了街头。
月和L的初次见面的地方变更为放映室。
L想到了基拉对第二个基拉的回答。
松田误入松柏集团会议室时做弥撒的地方，从工作间改到搜查本部的房间。
在雷姆消失的场面中，留下雷姆笔记本的描写和月亮拾到笔记本的描写被删除，第三本笔记本的情节全部被省略，与《光环2》相连接。
L的墓前，追加了日本搜查本部的成员宣誓的场面。
部分干部的死因，从心脏麻痹一律改为个别死因。
三堂从建筑物坠落死亡。
纸村伫立在车站的铁轨上，被电车轧死。
奈南川是交通事故。
