《饼干警长》故事发生在一个神奇的食品王国，王国里居住着各种各样的饼干人，他们单纯而善良，快乐地生活着，不按常理出牌的饼干警长与慢性子助手曲奇警员是王国的守护者，他们与妄图夺取王国统治权的霉脸大盗一伙斗争到底，在饼干城里展开了一系列有趣的警匪故事。
女娲娘娘为了造福人间，创造出了能够帮助人类的神兽，哪知道邪恶而又贪婪的元始天魔利用了善良的神兽，将它们污染变为了残暴的魔兽，驱使它们祸害人间，企图就此成为统治世界的霸主。 问天（马小冀 配音）是南宫城城主的儿子，一次偶然之中，他得到了神兽天晶兽（王凯 配音），让问天没有想到的是，天晶兽竟然幻化成为了神兵，拥有着足以打败魔兽的强大力量。与此同时，问天的妹妹问雅（刘旭莹 配音）从母亲的血脉里遗传了净化之力，能够净化遭到黑暗力量侵蚀的神兽，在兄妹两人无间的配合之下，正义的势力逐渐的壮大起来。元始天魔眼看阴谋无法得逞，于是召唤出了更加强大的敌人玄天邪帝。
周元为提升实力，决定和夭夭、吞吞前往圣迹之地夺取大机缘。路上偶遇万兽王朝的小郡主绿萝、剑王朝的剑瞎子李纯钧、左丘家族的妖女左丘青鱼等天骄，结为好友。
同时，周元的“一生之敌”、“蟒雀吞龙”的“蟒”、大武太子武煌，也来到圣迹之地。双龙相会，风云变色。
圣迹之地的造化之争开启，周元与小伙伴们一起挫败了东玄大陆的阴谋，并在随后一对一的战斗中，怒战仇敌武煌，夺回原本属于自己的圣龙气运。周元还遇到了苍玄老祖的残影，得知了过往渊源。
周元赢得造化之争，并选择加入苍玄宗。与一众好友告别后，周元和夭夭、吞吞一起踏上前往苍玄宗的征途。
