晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
全新的一年，有趣可爱的故事继续上演。某个繁星点点的夜晚，喜羊羊、美羊羊、暖羊羊、沸羊羊、懒羊羊在郊外聊天。美羊羊提到听说看到流星马上许愿，愿望就可以成真。大家聊兴正酣，而在草丛的另一边，灰太狼等待着抓住小羊们的机会。事实上，流星真的可以帮助大家实现愿望，不过即将退休的流 星爷爷可不愿再揽多余的愿望，他只想快点儿回家休息。不过事与愿违，流星爷爷躲避流星炮弹途中被击落。万般无奈之下，爷爷只能帮大家实现各种各样无厘头的愿望，但他却被累的够呛，启程的日子遥遥无期。 为了帮助到所有的人，喜羊羊他们拿过了流星爷爷的接力棒，踏上了充满欢乐的征途，而灰太狼绝不会放弃这个大好机会……
古神之地后，修魔内海永夜魔城一夜崛起，为拓展领地，不断对修魔海周边宗门下手，其中也包括了李慕婉所在云天宗。李慕婉在护门大战中身中奇毒，性命攸关，王林得知此事后，携其再次闯入修魔内海，王林以化神初期修为力战三大城主，名震修魔内海，带回解药救下李幕婉，却发现危机并未解决，千年阴谋浮出水面。最终凭借二人情愫及化神后首次与古神之身合体，联手斩灭魔尊。
渡劫期大修士陈凡陨落在天劫中，却一梦五百年重回地球的年少时代。回到地球时代的陈凡，决定踏踏实实重新学习，扎实根基，同时弥补之前的遗憾，帮助前世忘年交治好顽疾，并帮助同学渡过难关成功考学，最后找回自己的伙伴一起成长的故事。
没有通天本领也能踏上取经路？小猪妖决定离开浪浪山，和蛤蟆精、黄鼠狼精、猩猩怪组团取经。西行路上，小妖怪们将遇到怎样的考验？最终他们又能否实现心愿，活成自己喜欢的样子？
被撤职的锦衣卫袁小棠与青梅竹马的方雨亭为寻找父亲失踪的线索潜入鬼街、在朋友石尧山等人的帮助下，一路逛鬼街、破机关、遇各路神秘人物……乱斗与阴谋轮番上演，随着旧事的重提，一切谜团都渐渐有了答案。
