晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
天赋异禀的灵宠师樊凌霄，于甲级门派晋升赛上遭人暗算，被自己的灵鲲所吞噬。睁眼醒来却发现自己已化身为一名叫“流锋芒”的少年，身处白府大牢之中，其门派凌霄阁也走到了绝境。为查明灵鲲反噬真相与重振门派，樊凌霄带着现有的几只灵宠，与谷灵、程曦、月彤，一起踏上了全新的冒险之旅。
为了弄清自己记忆碎片的真相，顾长歌进入真仙学院，结识各大门派的大能，得知自己是魔主的身份，还发现之前逃走的赢霜的下落，使用计谋将其引出并把他击杀，还得知另有人知道自己的真实身份，顾长歌便设计与其发生冲突，但却被其逃走，顾长歌得知逃往地方，便设计让世人怀疑其和魔功传承者有勾结，顾长歌以此为借口，率领自家军队前去讨伐，不料对方家主实力强大，然而这时顾家的仙人前来相助，最后将其击败，还得到大量的宝物。各大势力得知有神器出世，便率军前来夺取，顾长歌也想得到此神器，也率军前往，各方大门派此相遇，大家为了神器而激战，最后顾长歌得到神器。
小黑跟随师父在小镇上过着安宁日子，分会馆遇袭，打破了妖精世界维系多年的和平，来自妖灵会馆的“全新任务”也让两人陷入分离危机，更让师父无限的处境发生翻天覆地的变化。面对环环相扣的谜团，小黑与师姐鹿野共同开启了寻找真相的新冒险。这一次小黑能否经受住考验，顺利保护师父化险为夷？
