在充满音乐风情的城市－加音町成长的青梅竹马北条响和南野奏，虽然升上国中后的二人个性总是不合，但却因着相同的兴趣“音乐”而有了连结。某天响与奏正巧在旧歌剧院撞见时，音乐王国“大调岛”的精灵－哈咪出现了，为了不让“小调岛”的敌人继续将传说的乐谱中“幸福的旋律”变成“不幸的旋律”音符，所以找寻能够以“高音谱记号”变身为光之美少女的响与奏。以二人合而为一的正义之心，一齐找寻飞散到人间的旋律音符，和小调岛的敌人来场音符抢夺战！
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。
住在踯躅台的高中1年级生响裕太，某天醒来后失去了记忆。 之后，裕太与旧电脑里显现出来的“Hyper Agent·古立特”相遇了。 古立特告诉裕太“去完成使命”，而裕太则开始寻找这番话的意义以及自己的记忆。 虽然对这一突发事件感到困惑，裕太仍然在同班同学内海将以及宝多六花、新条茜等人的帮助下过着每一天。 然而，平稳的日常被突然现身的怪兽轻易地踏碎——。
线上游戏THE NEW GATE，因玩家数众多而热闹至极的虚拟世界突然发生剧变，将人们囚禁在游戏世界中，折磨着他们。 为了打破这种痛苦的现状，身为游戏内最强玩家的一名青年——进决定挺身而出。阻挡在他面前的，是这个世界最强大的敌人“原初”。“结束了……！！！！”在殊死战的最后，进的一刀贯穿了“原初”的身体。回响的系统通知声宣告游戏破关，以及遭到囚禁的玩家们将获得解放。 在人们一个个注销时，进也打算跟着向习以为常的世界告别，然而就在他注销的瞬间，崭新的大门突然开启—— 进受到光芒包覆后，映入他眼帘的竟是……游戏破关500年后的THE NEW GATE世界。 身为最强玩家的青年将在变化为现实的游戏世界中，缔造出全新的传说。
真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
