"在浩瀚的宇宙中，经过长期岁月辗转，被秘密选召出的四个小动物，作为“迷你特工队”保护地球的和平，他们是最强战士：弗特、塞米、露西、麦克斯、以及特殊成员雷伊和新加入的成员小杰和里奥！数百年后宇宙海盗丹丹团三人组——卡拉、丹特、丹乔，在某个小行星发现了被封印的外星魔王杰诺斯，并解开封印让其重见天日。杰诺斯的力量源于生命体所散发出的负面情感（恐惧、伤心），被称作不幸能量。这伙邪恶势力筹划在地球不断制造危机，并从地球上的生命体获得不幸能量。迷你特工队为保护地球，与邪恶势力展开了激烈的战斗！"
在从便利商店回家的路上，突然被异世界召唤的少年菜月昴。在无法依靠任何东西的异世界，无力的少年手唯一的力量……那是“死去然后重新开始”的力量。为了守护最重要的人们，为了取回确实存在着又无可替代的时间，少年抗拒着绝望，勇敢地面对着残酷的命运。（本次新编集版在第一季动画基础上追加新场景，以2话合并成1话的形式制作成单集时长1小时的特别篇）
这个世界里，人类被视为劣等种。冒险者小队「种族会」中负责扛行李的人类少年‧莱特，在世界最凶险的迷宫「奈落」深处遭伙伴放逐，甚至想取他性命。 为了在「奈落」活下去，莱特自暴自弃地用了唯一的技能《无限扭蛋》，结果竟召唤出强大无比、「等级9999」的伙伴们──！ 之后过了三年，莱特自己也升到了等级9999。带着对自己忠心耿耿又怀有好感的美少女们（而且所有人都是等级9999），他以压倒性的力量开始进军地上!!
在死神界有留克的死神追加了讲述月亮的场面。
伊出不登场。
随着夜神总一郎心脏病发作的场面被删除，他在第二次基拉事件时看电视的地方也从医院的病房变成了街头。
月和L的初次见面的地方变更为放映室。
L想到了基拉对第二个基拉的回答。
松田误入松柏集团会议室时做弥撒的地方，从工作间改到搜查本部的房间。
在雷姆消失的场面中，留下雷姆笔记本的描写和月亮拾到笔记本的描写被删除，第三本笔记本的情节全部被省略，与《光环2》相连接。
L的墓前，追加了日本搜查本部的成员宣誓的场面。
部分干部的死因，从心脏麻痹一律改为个别死因。
三堂从建筑物坠落死亡。
纸村伫立在车站的铁轨上，被电车轧死。
奈南川是交通事故。
本应由于交通事故（!?）导致人生轻易闭幕的游戏迷家里蹲·佐藤和真，事出偶然地带着女神·阿库娅转生到了异世界。“在如同RPG游戏一样的异世界，享受憧憬已久的冒险者生活！目标是勇者！”像这样兴奋了还没多久，转生而来的和真就尽是遇到倒霉的事情。 麻烦制造机废柴女神·阿库娅，重度中二病魔法使·惠惠，妄想停不下来的女骑士·达克妮丝，和真与空有高超能力值却无比残念的这3人组队，欠下一屁股债，涉嫌颠覆国家罪而遭到审判，讨伐魔王军干部，偶尔还会死一死…… 这样的某一天，突然跑来的红魔族少女·悠悠的一句爆炸性发言，让和真等人当场石化。“我想要和真先生的孩子！”问明原因，原来惠惠和悠悠的故乡“红魔之里” 目前正濒临灭亡的危机。追在出发前去拯救村落的悠悠后面，和真等人向着红魔之里出发，但——！？向和真小队袭来的最大危机！平凡的冒险者和真度过的异世界生活，未来究竟会怎样！？
