"在浩瀚的宇宙中，经过长期岁月辗转，被秘密选召出的四个小动物，作为“迷你特工队”保护地球的和平，他们是最强战士：弗特、塞米、露西、麦克斯、以及特殊成员雷伊和新加入的成员小杰和里奥！数百年后宇宙海盗丹丹团三人组——卡拉、丹特、丹乔，在某个小行星发现了被封印的外星魔王杰诺斯，并解开封印让其重见天日。杰诺斯的力量源于生命体所散发出的负面情感（恐惧、伤心），被称作不幸能量。这伙邪恶势力筹划在地球不断制造危机，并从地球上的生命体获得不幸能量。迷你特工队为保护地球，与邪恶势力展开了激烈的战斗！"
本作の舞台は、5月4日に放送がスタートするテレビアニメ7期と同じく、ヒーローと敵＜ヴィラン＞の戦いによって荒廃し、敵＜ヴィラン＞収容施設から脱獄した者・ダツゴクが蔓延る社会。デクたちヒーローと敵＜ヴィラン＞の最終決戦の直前、世界を揺るがす大きな事件が巻き起こる。
1912年，实业家涉泽荣一请到了土御门家的阴阳师平井保昌和物理学家寺田寅彦施行东京改造计划，运用灵力保护国都。魔人加藤保宪唤醒了一千年前的叛臣平将门的怨灵，企图毁灭东京。他选择了将门末裔辰宫由佳理作为灵媒。在平井以及大文豪幸田露伴的守护之下，加藤的阴谋没有得逞，但由佳理腹中却开始孕育拥有恐怖力量的新生命。平井在明治天皇驾崩之日自杀。1923年9月1日，加藤引发了关东大地震，在殊死搏斗中幸田将其打伤，最终将门怨灵没有觉醒，东京被保住了。在涉泽的努力下，东京迅速重建。1927年，日本首列地铁即将开通，而加藤放出的魔物妨害了这项工程，寺田运用西村真琴发明的日本第一台机器人解决了问题。不久后，加藤的能力完全恢复，企图再次破坏东京……
