ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。
特别喜欢游戏和金平糖的高中生白柳启，有一天，被一个自称是魅音的神秘女子卷入了战场。 魅音对聚集起来的人们说：“你们已经没有户籍了。” “请成为实验观测器吧。”在场的每人都被给予了特殊的能力参加各种项目。 下定决心要摧毁这一组织的启，以谁都无法预料的能力和罕见的“脑”能力为武器，新时代的头脑派能力战斗开始。
「魔法使いさん、わたし、約束守れませんでした……」 魔法使いに憧れる天然少女クルミ＝ミライと、 代々魔法使いを輩出する名家の令嬢ユズ＝エーデル。 レットラン魔法学校＜国家魔法師養成専門学科（通称・マ組）＞への進学は魔法使いになるための必須条件。 なのに、まさかの受験失敗………と思っていたら⁉ 一見、子どものような国家魔法師ミナミ＝スズキが担任として現れ、 学園生活は急転！訳ありげなクラスメイトに、怪しそうな同好会…… この学校に隠された秘密って何⁉ 魔法使いさん、わたし＜普通科一組＞で、魔法使いになれる、の、カナ……？ 夢に破れた正反対なふたりの少女の青春＊魔法学園ファンタジー！
在某个平凡的夏日，东京遭到了炸弹恐怖袭击。导致日本从平稳的睡梦中惊醒的犯人，仅仅是两个少年。自称为“斯芬克斯”的犯人们，将把全日本卷入一场壮大的游戏。
