ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
因偶然事件为契机与世界第一的英雄欧尔麦特相遇的“无个性”少年绿谷出久，身体内继承了欧尔麦特的个性，具有了成为英雄的资质。在经过严厉的训练后，绿谷出久成功进入了雄英高中入学，在与爆豪胜己、丽日御茶子等英雄科1年A班的同学们一起在互相切磋和学习中度过每一天。在这种情况下，全国瞩目的活动“雄英高中体育祭”来临了。目指第一的爆豪胜己，因为家族原因具有强烈意志的饭田天哉，为了否定父亲而渴求胜利的轰焦冻，以及英雄科1年B班的成员...。雄英高中所有同学都气志高涨，绿谷出久也重新下定了决心。“我也会全力去比赛的！“ 以最顶级的英雄为目标的学生们，“个性”、力量和自尊的战斗拉开了序幕！！
原创篇章，讲述打倒亨德里克森后的短暂和平生活。
离开死者之街过去了两年，威尔也已经17岁了。 作为领主，他发展了“灯火河港”，渐渐地，“兽之森”恢复生机。 但是，不合季节的花朵绽放，森林出现异常。为了解决这个问题而前往森林深处的威尔等人，从森林之王那里得到了不祥预言。 “铁锈的山脉上，会发生‘黑灾之火’，火会熊熊燃烧将这片土地全部烧毁。” 在灭亡的矮人之都“铁锈山脉”中沉睡的灾难是？与新的相遇一起，威尔他们的冒险再次开始！
距今超过六千年的远古世界，天地割裂的凄惨战争持续不断，毫无还手之力的人类被拥有强大力量的各个种族逼入绝境，濒临灭亡。此时率领人类的年轻领袖里克，与机凯种少女休比偶然相遇。被同伴抛弃的休比，为了修复故障，拜托里克把“人类的心”告诉自己。机凯种少女的单纯与真诚，使得里克对休比逐渐放下戒备、敞开心扉，二人感情亦日渐升温。最终二人带领人类共同面对终极一战，少女休比也将面临恋人与生命的残酷抉择。末日来临，在251秒的时间里，赌上一场深情告白。
