第二季的故事是发生在第一季的故事结束后三年，爱良等人从Pretty Top演艺学校结业并学有所成，之后有了全新生力军的加入，包含了玲奈、果铃、彩海三人组成的团队“三棱镜伴侣（Prism Mates、プリズムメイツ）”，与后来加入的美爱，演变成四人明星团体“Prizmmy☆”并走上成名之路；后来有来自韩国的五位女性留学生加入了Pretty Top演艺学院，并与Prizmmy☆四人连袂演出。
2045年、歌が禁じられた世界──。 音楽を創造し、奏でることは人間の代わりに 音楽アプリ《MiucS》がその全てを担っていた。 少女?相葉芹亜は友人たちと出かけた先で、 禁じられているはずの歌声を耳にする。 歌声の先で芹亜が目にしたのは、一人のゴーストだった。 この世の外から顕れた偉人──"グレートゴースト"。 霊能力者集団──"ＴＥＲＡ"。 そして響く──"憑依鎮魂歌"。 「これは、私がゴーストになるまでの物語。」
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
...
进击的巨人 第三季 Part.2 特典，四格漫画50-59回。
