第二季的故事是发生在第一季的故事结束后三年，爱良等人从Pretty Top演艺学校结业并学有所成，之后有了全新生力军的加入，包含了玲奈、果铃、彩海三人组成的团队“三棱镜伴侣（Prism Mates、プリズムメイツ）”，与后来加入的美爱，演变成四人明星团体“Prizmmy☆”并走上成名之路；后来有来自韩国的五位女性留学生加入了Pretty Top演艺学院，并与Prizmmy☆四人连袂演出。
眼睛只看到金钱的江湖骗子灵幻新隆衣冠楚楚，道貌岸然，巧舌如簧，他以灵能力者的身份替委托者解决各种诡异事件，其实半点灵力没有。每当遇见真正的恶灵而又无法解决时，灵幻便会叫来他的弟子——真正拥有超强令能力的中学生影山茂夫（绰号“龙套”）。龙套君无论在学校还是家中都毫无存在感，呆呆傻傻的他隐藏着常人甚至灵能力者都难以想象的可怕力量。每当他的灵能力值达到100%时，他的对手必将遭遇有生以来最可怕的回忆。在与灵幻老师修行的过程中，龙套君遇到了各式各样的敌人，灵魂深处的自我也渐渐苏醒…… 本片根据漫画家ONE的同名原作改编。
真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
故事发生在一个名为“弗洛尼尔德”的架空世界之中，迦雷特狮子团的公主蕾昂米修莉（小清水亚美 配音）带领着她的精锐部队大举入侵邻国比斯科迪共和国，身为共和国的公主，米希奥蕾（堀江由衣 配音）深深的为祖国的未来担忧着，无奈之下，她决心向异世界发出求救的信号，希望那里有人能够成为国家的救星。 泉真红（宫野真守 配音）只是一介平凡的日本少年，然而，正是他受到了米希奥蕾的召唤，来到了弗洛尼尔德，在这里，他结识了个性认真的艾克蕾尔（竹达彩奈 配音）、聪慧过人的利歌塔（水树奈奈 配音）和成熟稳重的尤基卡泽（阿澄佳奈 配音）等人，在和蕾昂米修莉的战斗中，泉真红和伙伴们的羁绊也在加深着。
在异世界安特·伊苏拉，魔王和勇者之间是敌人。而在现代日本东京，真奥贞夫和游佐惠美依然在汗流浃背的工作，他们与魔王城的各位，还有恋爱的女高中生千穗一起，熟悉日本的生活，在经济巨浪中度过每一天。 有一天，一名神秘的少女出现，魔王城出现大混乱，是来自安特·伊苏拉的来访者。为了养育这个孩子，不工作就不能支撑家庭开支… 一间六张榻榻米的魔王城，一个自由职业魔王展开的平民派幻想，波澜起伏的TV动画第2幕，开始！！
