第二季的故事是发生在第一季的故事结束后三年，爱良等人从Pretty Top演艺学校结业并学有所成，之后有了全新生力军的加入，包含了玲奈、果铃、彩海三人组成的团队“三棱镜伴侣（Prism Mates、プリズムメイツ）”，与后来加入的美爱，演变成四人明星团体“Prizmmy☆”并走上成名之路；后来有来自韩国的五位女性留学生加入了Pretty Top演艺学院，并与Prizmmy☆四人连袂演出。
被誉为世界最强魔法使的【贤者】盖亚斯，对自身的纹章感到了极限，没办法变得更强。他为了改变自己的纹章而采取的手段——那就是通过转生获得新的生命！他在遥远的未来世界转生，得到了他所追求的“最适合魔法战斗的纹章”以及马丁亚斯这个名字。然而，这个纹章不知为何在这个时代被称为“失格纹”……在当代，魔法衰退，低水准的魔法理论是构成世界的基础。魔法战斗中最强的“失格纹”以及兼具贤者智慧的少年马丁亚斯，将不断打破世界常识！异世界纹章幻想谭，现在开幕！
勇者刑是最严重的刑罚。 犯了大罪被判处勇者刑的人，将受到勇者的惩罚。 所谓惩罚，就是在突然产生魔王军的魔王现象的最前线，即使被魔物杀害，也必须复活并继续战斗。 数百年战斗不休的狂战士、史上最恶劣的小偷、骗子政治犯、自称国王的恐怖分子、成功率为零的刺客等，全部是性格破绽者组成的惩罚勇者部队。 他们的领袖、因“杀死女神”的罪名自己也被判处勇者刑的原圣骑士团长扎伊洛·福尔巴茨，在战争中遇到了至今为止一直被隐藏着存在的“剑之女神”特奥丽塔。 “助我一臂之力，接下来我们要打倒魔王” “就是这种意思。 胜利的时候请抚摸我的头哦” 当两人签订契约的时候，一个改变被绝望笼罩着的世界的惨烈英雄的故事拉开
2000年。在长野山中的九郎岳，正在进行某座神秘遗迹的挖掘工作，遗迹内的一具棺木中藏有一个佩戴石化腰带的古尸。 孰不知当调查团将棺木开启时，亦因此唤醒了它的死敌『古郎基』。调查团立即遭到未确认生命体的袭击而全数死亡。而在为了查出调查团被杀案件的线索，正在遗迹现场调查中的长野县刑警一条薰面前，有一名青年突然擅自闯入。这名被一条拦下的青年，他自称为冒险家五代雄介。 终于复活的未确认生命体在长野近郊出现，并开始对人们恣意袭击，甚至一路冲进警局。在场的雄介感应到从遗迹出土，由警方保管的腰带状遗物所传来的战士形象，在冒险家的直觉下将之着装于腰部。雄介的身体也随之覆上一层装甲，变身后的雄介与袭击警局的未确认生命体经过一场苦战后终于将其击倒。 随着未确认生命体不断出现于大城市东京， 五代雄介下定决心为了让周遭的人们免于恐惧，守护他们的笑容而战…… 新一代假面骑士『空我』诞生！
1912年，实业家涉泽荣一请到了土御门家的阴阳师平井保昌和物理学家寺田寅彦施行东京改造计划，运用灵力保护国都。魔人加藤保宪唤醒了一千年前的叛臣平将门的怨灵，企图毁灭东京。他选择了将门末裔辰宫由佳理作为灵媒。在平井以及大文豪幸田露伴的守护之下，加藤的阴谋没有得逞，但由佳理腹中却开始孕育拥有恐怖力量的新生命。平井在明治天皇驾崩之日自杀。1923年9月1日，加藤引发了关东大地震，在殊死搏斗中幸田将其打伤，最终将门怨灵没有觉醒，东京被保住了。在涉泽的努力下，东京迅速重建。1927年，日本首列地铁即将开通，而加藤放出的魔物妨害了这项工程，寺田运用西村真琴发明的日本第一台机器人解决了问题。不久后，加藤的能力完全恢复，企图再次破坏东京……
