ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
故事发生在私立希望之峰学园中，苛刻的入学条件和优厚的毕业待遇让这所历史悠久的学园笼罩着一股贵族和精英的气氛，只有超高校级的学生才有资格进入其中学习。今年，苗木诚（绪方惠美 配音）以“超高校级幸运”为由收到了来自学园的录取通知，奇怪的是，他平凡的生活中并没有遇到过什么幸运的事情，如果硬要说有的话，那就是此次的录取了。 这一届，包括苗木诚在内共有15名新生，均为各个领域内的尖端人士，而在开学典礼上，黑白熊（大山羡代 配音）的出现却让他们落入了永恒的炼狱。闭锁的出口，昏暗的空间，残酷的脱出规则，激烈的学级审判，只有双手沾满鲜血的人才能够成为最后的胜者重获自由。这一回，被称为超高校级幸运的苗木诚能够继续他的幸运吗？
东京街头，数具男性尸体被发现，这是一场由“喰种”引发的大骚乱。大学生金木研（花江夏树 配音）原以为这一切离自己很遥远，直到一个夜里，他被自己心爱的女生袭击，原来她竟是以人肉为食的喰种。生命垂危的金木通过器官移植手术，才得以侥幸存活。而移植到金木体内的器官，来源竟然是喰种。
痊愈后，金木发现自己的身体有了某种奇怪的变化，他的一只眼睛出现喰种反应，而且他再也无法进食正常人的食物。让他感到可怕的是，他开始觉得“人类”才是满足自己食欲的对象。曾经只是一个普通人类的金木，难道从此走上狩猎人类、吞食尸体的喰种之路？
本作围绕着身为赏金猎人的女主角羽舞，讲述了她与周边角色充满欲望的混乱都市冒险。
