ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。
里斯提亚国偏僻乡村领地的下级贵族——奥恩斯坦家住着一对姐弟。 姐姐玛丽是一个非常喜欢接受父亲练习剑术的活泼女孩。弟弟席恩是个腼腆的男孩子，他非常喜欢呆在房间里看书。虽然两人性格完全相反，但在温柔的父母的守护下，和睦地生活着。 有一天，席恩问父亲“魔法”这个东西在这个世界上是否存在。但是，即使是作为贵族有一定教养的父亲，也不知道“魔法”这个词本身。更何况，席恩所说的“从火、水、风、光等元素各种各样的东西”的现象，在这个世界上是不可能存在的…… 从那一天开始，席恩就显得很失落。但是，有一天，在和姐姐玛丽一起去的湖里，他目睹了“宛如魔法般”的不可思议现象—— “现在放弃还为时过早。如果没有魔法，自己做就好了！” 席恩开始研究魔法，一边将周围的人卷入其中一边稳步前进。飞出的火焰，奔跑的闪电——一切都是为了使用前世所憧憬的“魔法”！
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
现在都市犯罪日益猖蹶时，一个神秘人物崭露头角。他不是警察，也有别于一般私人侦探和保镖，而是位我行我素的侠探，他复姓冴羽，单名獠，人称"城市猎人 "。他身怀绝技，足智多谋，见义勇为而又性情诙谐，即使在难中也要开些超级玩笑：偏偏还能屡屡得到佳人相助，从而演出一幕幕情义交织的精彩活剧……
