ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
作为学校成绩名列前茅的水谷雫（户松遥 配音），实际上却有着和可爱外表超级不相配的冷漠性格。在她的眼里，将书读好，把钱赚够，这就是她梦寐以求的生活，至于其它的一切，都不过是会干扰她向目标迈进的浮云罢了。就是这样的雫，居然接到了一个非常棘手的麻烦——去给学校闻名遐迩的不良少年吉田春（铃木达央 配音）送讲义！ 虽然初次的相处并不愉快，但随着接触的深入，雫发现，吉田春并不如表面上所看到的那样乖僻的粗暴，正相反，在他高大的躯壳里，居然藏着一颗害怕伤害他人的善良的心。因为害怕伤害，所以索性就全然拒绝，这就是吉田的处事哲学。而对于吉田来说，曾经看不上眼的优等生雫，也有着天真和细腻的一面。这样的两人在误解中渐渐的相互吸引着，再加上周围一帮稀奇古怪的损友们，甜蜜又青涩的校园恋爱剧就此拉开序幕。
以主人公安久为轴，描写战斗少女们的群像剧。故事讲述了掌握了高端情报技术“玛娜”的人类，借助它的力量克服了地球上的战争、饥饿、污染等问题，终于迎来了和平的理想乡。然而，作为皇国第一皇女的安久丽莎，却因无法使用这等魔法之力而沦为士兵，并被派遣到偏僻的岛屿上，同其他少女们操纵变形人型兵器“帕拉美露”，共同对抗入侵而至的巨大攻击型生物——龙。于是，少女的不屈物语就此开始了……
