ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
动画宣布制作第二季
2007年6月からは第2シリーズとなる『全国大会篇 Semifinal』が全3巻で発売され。 Vol.1： [1. 四天宝寺VS不動峰]、[2. 咆哮] Vol.2： [3. お笑いテニスの恐怖] 、 [4. 青学のお荷物] Vol.3： [5. 二つの 扉]、 [6. 一球勝負!]
