神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
2050年，太平洋深处孤岛的猩红别墅里，一群失忆女孩被圈养，唯有编号12的安晓尚存一丝本能。一次意外，她在储藏室撞见尸骸，唤醒了对自由的渴望，与执念寻找失踪姐姐（编号07）的林溪结成同盟。别墅主人莉娜被医生李鸣精神控制，以“被选中”为诱饵，推行末位淘汰规则。夜间“吸氧”实为记忆唤醒药物，安晓频繁梦见过往。编号5的女孩被带走时，甩出一枚鸢尾发夹，林溪认出是姐姐同款，探寻决心更甚。安晓自伤求医时，发现李鸣处有与自己相似的女孩照片，身世成谜。二人潜入储藏室，揭开“活体供体”真相——女孩们的激素被卖给富豪，林溪姐姐已因激素衰竭被“处理”。理念分歧让二人决裂，林溪独自刺杀莉娜，却得知安晓是莉娜的女儿，也是李鸣培育的“完美供体”。殊死搏斗中，林溪护安晓被麻醉，莉娜奋力护女，安晓恢复记忆后彻底反抗，这群女孩终在守护与救赎中破茧重生。
漠北当下表面平静，实则暗中涌动。王后述里朵正筹划一场大会，不良帅为探查漠北动向带着一众不良人出现在漠北，以降臣为首的四大尸祖在此期间也来到漠北开了家古董羹店，而神秘的杀人凶手更弄得人心惶惶，几方势力各怀心思....
一场车祸，让方茵茵变成了一只猫。不仅要做三只小猫的全职奶妈，还要应付绒毛控总裁的二十四小时不间断调戏。总裁：“从今天起你就是我的猫了，给我牢牢记住这点。”“你这么丑的猫我才不喜欢，不过看你可怜罢了。”“像我这样浑身都是光芒的人真是苦恼，做我的猫很累吧？”方茵茵：“呵呵。”
独自在外游历的阿逗无意间卷入江湖斗争的漩涡,茫然无措的他凭着机智和好运,卖萌耍贱度危难,乱拳乱棍平险关。然而他却不知自己已堕入一个惊天诡谋之中。人生的关口他将作何抉择,他又有怎样的奇招帮助武林度过浩劫?
