神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
天地是万物众生的客舍，光阴是古往今来的过客。苍天残面张开诡异之眼，所视之处生灵涂炭，化为永恒的禁区。末世之中，因果随行，死地后生。
这一日，林枫正在林府凝聚武魂，不想，他才刚将剑武魂修炼成雏形，未婚妻姬漫夭就趁机夺走了他的武魂，还导致其差点吐血身亡。与此同时，林枫的精神进入到了葬神之地，葬神之地神秘女子告诉林枫，他可以通过磨灭葬身于此的古神，获得庞大的武道力量跟知识。 现实世界，原本是林家大少爷的林枫因为失去了剑武魂，从而不再受到家仆们的尊重，他们处处针对林枫，就连林枫的妹妹林香儿生病，他们都不愿意出手帮助分毫，直到林枫使用从葬神之地获得到的力量打败了黄阶武魂的强者——林宇宏，林家的人才对林枫的态度有所改观。 另外一边，林枫因为没能很好得控制最新得到的力量，杀死了正在跟自己决斗的秦骁。秦骁乃是秦家大长老的孙子，并且一直受到长老们的宠爱，如今秦骁被害，秦家长老自是不甘，他们一怒之下，跑到了林家府邸，要求林家将林枫双手奉上。
在青州崭露头角的楚枫随青龙宗主李长青参加青州最高盛会百宗大会，与强悍霸道的凌云宗主燕扬天结仇。殊不知，百宗大会名为宗门比试，实为燕扬天的一场惊世阴谋。 随着实力的不断提升，楚枫领悟金、蓝双色神雷之力。然而，神雷之力意外惊动了沉睡多年的冰火双珠，好友苏柔苏美为救楚枫被双珠 夺舍，危在旦夕。为救好友，楚枫踏上万妖山寻宝之路，誓要以此救出紫袍界灵师妖猴王，搭救二苏。 途中，楚枫结识皇朝少年姜无殇，重遇天赐神体又身世神秘的少女紫铃，并终于和名震天下的同宗师兄——“翼盟”创始人张天翼相认。 最终，在蛋蛋、紫铃、姜无殇、张天翼等人的肝胆相照和自身实力的不断提升下，楚枫寻得修罗鬼斧、救出妖猴王、成功搭救二苏，识破凌云宗主燕扬天的阴谋，最终力挽狂澜、化解九州危机。并为解开自己的身份谜团，踏上更广大的东方海域......
萧炎为唤醒老师药老，来到帝都参加炼药师大会，却因过人实力而被意图不轨的敌人暗算。危急关头，萧炎力挽狂澜成功夺冠，维护了加玛帝国荣誉。解开心结的萧炎，迎接即将到来的三年之约……
