神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
为从美杜莎女王手中夺取异火，萧炎在药老陪同下前往蛇人族居住的塔戈尔沙漠。却因口渴误闯绿洲，引来蛇人族高手月媚追杀。没有药老逆天协助的萧炎，眼看要被月媚杀死，生死存亡之际，幸得一位蒙面斗皇相救。不料蒙面斗皇一行人也为异火而来。美杜莎女王拒绝古河交换异火的条件，蒙面斗皇戳穿女王此刻是能量体，而真正的女王在某处准备吞噬异火，进化为斗宗。蛇人族攻击冒犯女王的古河等人，萧炎也在混战中感知到异火行踪，潜入女王所在的地心岛……
话说在东土傲来国有一座花果山，山上有一尊石猴吸收日精月华化身为一只神猴（邱岳峰 音），统领着山中的猴子猴孙。为求得一件称心的宝贝，神猴孙大圣潜入龙宫，强硬求来大禹治水时的定海神针如意金箍棒。东海龙王（毕克 音）心有不甘，于是上天将此事诉诸玉帝（富润生 音）。玉皇大帝命令太白金星（尚华 音）下界招安，许以爵位。不知有诈的孙大圣欣然前往，却发现只是负责养马的弼马温。得知受骗的猴王反下天庭，与天兵天将在花果山展开大战…… 本片根据古典名著《西游记》中的故事改编，前后历时4年创作，并荣获1962年捷克斯洛伐克卡罗维发利国际电影节短片特别奖、1978年英国伦敦国际电影节年度杰出电影奖、1982年厄瓜多尔第四届国际儿童电影节三等奖、第二届中国电影“百花奖”最佳美术片奖。
