神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
讲述了主角一觉醒来，世界大变。熟悉的高中传授的是魔法，告诉大家要成为一名出色的魔法师。崇尚科学的世界变成了崇尚魔法，偏偏有着一样以学渣看待自己的老师，一样目光异样的同学，一样社会底层挣扎的爸爸，一样纯美却不能走路的非血缘妹妹……
故事发生在一个幻想中的武侠世界，这个世界普通人可以通过不断习武修练内功，激发自身精神与身体上的潜能。故事主人公林辰，是一个出身平凡，追求习武巅峰的普通武者。他在遭遇不公对待后，愤怒之下触发自身精神上的潜能，进入了类似量子效应的“心觉”状态，却也因此目睹了家人在未来即将遭遇可怕的危险。因此，为了保护家人、爱人免遭致命侵害，以及调查父亲失踪谜案，林辰以一份神秘的名单为线索，追寻这一切背后的真相，并与邪派势力展开曲折艰险的斗争，谱写出一段可歌可泣的传奇故事。
方寒与同伴前往归虚历练，一路上战天魔、斩神族，又因挑战仙道魁首太一门的权威被逼入太元仙府，反而因祸得福，修为大涨。逃脱生天之后的方寒恪守本心，护持同门，继续谱写属于自己的热血传说。
