神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
一夜间惨变孤儿的张小凡被青云门收为弟子，经过五年刻苦修炼，他在师门七脉会武上大放异彩，后被派往空桑山打探魔教行迹，旅程中，他与师姐陆雪琪遭遇危难，并结识救护了魔教女子碧瑶，同时，新的危险也在前方等待着他。
林毅在全民模拟世界中，利用独有的金手指生成系统，通过自定义词条创造专属能力，挑战末日、求生、高武、仙侠、卡牌、游戏等多种模拟世界，获取积分提升自身属性成为超凡强者，在改变家庭贫困命运的同时，应对现实中退婚、被威胁、和超凡者俱乐部复杂关系等各种冲突，最终从普通高三学生成长为拥有强大实力的超凡者。
