神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
古药大陆，万族林立，丹师为尊；双生武脉，再现世间！醉卧美人膝，成就丹道至尊！
公元2026年，在浩淼的银河系中，有一颗住着机器人的行星——“ 哈帝星”，由于哈帝星科技高速发展，机器人社会即将面临能源短缺的危机。好在学究犀牛博士研究发现了一种叫做“ 梦多拉晶石”的宇宙物质，能作为哈帝星的补充能源。为解决哈帝星能源危机，红宝等机器人组成V5战队，执行追踪回收梦多拉晶石的任务。可惜新成立的V5战队第一次出任务就意外出错，导致梦多拉晶石坠入行星“地球”上，晶石碎片散落在一个名为“西童镇”的小城市。 V5战队由此肩负起到地球回收晶石的任务。
