神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
讲述了主角一觉醒来，世界大变。熟悉的高中传授的是魔法，告诉大家要成为一名出色的魔法师。崇尚科学的世界变成了崇尚魔法，偏偏有着一样以学渣看待自己的老师，一样目光异样的同学，一样社会底层挣扎的爸爸，一样纯美却不能走路的非血缘妹妹……
萧炎（刘三木 配音）曾是家族里公认的斗气天才，年仅11岁便已经抵达了常人穷尽一生都无法修炼到的境界。可12岁那年，一场意外让萧炎的全部努力都化为了乌有，失去一切的他体会到了人情的冷暖和世态的炎凉，之后，萧炎和纳兰嫣然（鬼月 配音）许下了决斗的三年之约，来到魔兽山脉，在身世神秘的药老（黑石稔 配音）手下修炼。 三年间，萧炎的身影穿梭在塔戈尔大沙漠和加玛帝国黑岩城等地，结识了云芝、小医仙（醋醋 配音）等志同道合的好友，并且最终获得了强大的力量。三年一晃眼就过去了，萧炎毫无悬念的战胜了纳兰嫣然，却没想到，他的故事和劫难才刚刚开始。
故事发生在以武为尊的九霄大陆，讲述了现代学生林枫，因为一场车祸，穿越到武魂未觉醒的“废物”林家大少爷身上。从此以双武魂之力，一路突破修为，披荆斩棘，收获知己红颜。得惊世传承修武道、踏九霄、破天地、傲苍穹、主宰武道的故事。
