神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
为了弄清自己记忆碎片的真相，顾长歌进入真仙学院，结识各大门派的大能，得知自己是魔主的身份，还发现之前逃走的赢霜的下落，使用计谋将其引出并把他击杀，还得知另有人知道自己的真实身份，顾长歌便设计与其发生冲突，但却被其逃走，顾长歌得知逃往地方，便设计让世人怀疑其和魔功传承者有勾结，顾长歌以此为借口，率领自家军队前去讨伐，不料对方家主实力强大，然而这时顾家的仙人前来相助，最后将其击败，还得到大量的宝物。各大势力得知有神器出世，便率军前来夺取，顾长歌也想得到此神器，也率军前往，各方大门派此相遇，大家为了神器而激战，最后顾长歌得到神器。
拔出天道之剑的沈剑心信心满满，下山重回江湖。而此时的中原武林正面临着前所未有的危机。沈剑心因身负胎气原力和天道之剑，临危受命进入航海世界，卷入了层层阴谋之中。在沈剑心一行人的旅途中，意外接连不断地发生，神秘人物的身份也逐步揭晓……
就是主宰死亡的男人！ 至尊骨重生，战天下豪杰！
